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Addgene最受欢迎“质粒文库”大揭秘
关于质粒文库
传统图书馆可能收藏着成千上万本不同的书籍，但Addgene的“质粒文库”却有些特别：每一个文库都是共享相同骨架载体的一组质粒集合，它们仅在局部小区域存在差异。这种设计使其能够广泛应用于各类高通量实验。
目前Addgene已收录了390个质粒文库，并且还在不断增加！
接下来，我们将带您一览其中最受欢迎的几个文库，并介绍它们的功能与应用。
01🔖 "条形码"文库：给细胞贴上身份标签
就像实体书籍的条形码能帮助图书管理员追踪每一本书一样，基因条形码能让研究人员识别特定的细胞及其后代。这在细胞谱系追踪等应用中非常有用。如细胞可以被荧光识别（如pMuSIC文库），也可以通过测序读取独特的DNA条形码。
图1：利用条形码文库进行标记的示意图（由BioRender.com制作）
Samantha Morris实验室开发的CellTag文库（Morris CellTag and CellTag-Multi Barcoding Libraries）采用组合条形码策略，可用于观察克隆动态和细胞谱系。该文库的多种变体还允许在单细胞水平上追踪转录或染色质可及性。
02✂️ CRISPR文库：基因编辑的利器
CRISPR筛选已成为探索细胞通路与机制的常用工具。CRISPR筛选文库提供一系列sgRNA，有的会包含CRISPR机制元件，有的则不包含CRISPR机制元件（需要研究者自行提供）。这类文库可以针对特定通路，也可以覆盖全基因组！
▸ 基因敲除筛选
在CRISPR敲除筛选中，sgRNA引导Cas9切割目标基因，造成突变使其无法表达。通过这种方法可识别导致特定表型的基因。
图2：利用CRISPR敲除文库进行筛选的示意图（由BioRender.com制作）
大名鼎鼎的Brie文库（小鼠，Mouse CRISPR Knockout Pooled Library (Brie)）与Brunello文库（人， Human CRISPR Knockout Pooled Library (Brunello)）已分别用于数百项全基因组敲除筛选。上个月，David Root和John Doench实验室又推出了全新升级版：用于小鼠筛选的Julianna文库(Mouse CRISPR Knockout Pooled Library (Julianna))和用于人细胞筛选的Jacquere文库（Human CRISPR Knockout Pooled Libraries (Jacquere)），它们在靶向活性上有所提升，使筛选更稳健、更准确。
▸ 基因激活/抑制筛选
这类文库与敲除文库类似，但使用的是核酸酶失活的Cas9（dCas9），并融合了转录激活或抑制结构域，从而实现可逆的基因调控。这种方法通常比敲除筛选的细胞毒性更低。
Jonathan Weissman实验室已提交了分别用于小鼠（Mouse Genome-Wide CRISPRa v2 Libraries）和人（Human Genome-Wide CRISPRa-v2 Libraries）的全基因组CRISPR激活（CRISPRa）文库，以及用于小鼠（Mouse Genome-wide CRISPRi v2 Library）和人（Human Genome-Wide CRISPRi-v2 Libraries）的CRISPR抑制（CRISPRi）文库。这些文库在设计sgRNA时均考虑了染色质状态、位置和序列特征。
▸ 其他CRISPR文库
随着CRISPR技术的发展，新型文库也不断涌现。Addgene还收录了碱基编辑传感器文库、碱基编辑敲除文库、先导编辑评估文库以及先导编辑谱系追踪文库等。
03 其他类型筛选文库：不只是CRISPR
除了CRISPR，Addgene还有许多其他类型的高通量筛选工具。我们最受欢迎的筛选文库之一是由张锋实验室开发的MORF文库（Multiplexed Overexpression of Regulatory Factors (MORF) Library，调控因子多重过表达文库）。该文库包含了所有人类转录因子及其剪接异构体，可用于全面筛选、细胞重编程等研究。
值得一提的是，还有一个原核生物领域的优秀工具：Cultivarium MACKEREL文库（模块化、NGS可追踪的表达元件库）。它包含一系列广宿主调控序列，可通过金门克隆轻松组装，适用于多种细菌物种。
04表面展示文库：筛选蛋白互作的利器
在表面展示技术中，目标蛋白与锚定蛋白融合，表达在宿主细胞（如酵母）或病毒（如噬菌体）表面。这种方法常用于筛选蛋白结合特性。例如，多个冠状病毒刺突蛋白文库已被用于系统研究其变异，帮助我们更好地理解病毒进化与抗体结合机制。
图3：利用噬菌体展示文库进行筛选的示意图（也可使用酵母展示）（由BioRender.com制作）
准备好开始您的高通量筛选实验了吗？
Addgene的丰富文库资源，正等待您来探索！
以下总结了Addgene近期畅销的20款文库，如您感兴趣，可以联系北京中源进行订购。
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货号 |
文库名称 |
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1000000049 |
Human GeCKO Lentiviral sgRNA Library v2 (lentiGuide-Puro) |
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1000000218 |
MORF Library Kit with GFP and mCherry controls |
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73179 |
Human sgRNA library Brunello in lentiCRISPRv2 |
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73632 |
Mouse sgRNA library Brie in lentiCRISPRv2 |
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73178 |
Human sgRNA library Brunello in lentiGuide-Puro |
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1000000131 |
Mouse CRISPRi sgRNA library Dolomiti in backbone XPR_050 |
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162275 |
Lenti-human-TF-gRNA-puromycin |
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1000000111 |
Human CRISPRa sgRNA library Calabrese in backbone XPR_502 (P65 HSF) |
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110066 |
Human CRISPR Metabolic Gene Knockout Library |
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1000000048 |
Human GeCKO Lentiviral sgRNA Library v2 (LentiCRISPR) |
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113345 |
Membrane protein gRNA library |
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115643 |
pSMAL-CellTag-V1 |
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162256 |
Human Epigenetic Knockout Library |
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174592 |
Human ubiquitination-related proteins CRISPR KO library |
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200011 |
Mouse Chromatin Regulator Library |
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207471 |
FNLCR CRISPRa Cell Surface |
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1000000193 |
Dual sgRNA CRISPRa Library |
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132552 |
Human SLC KO Library |
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140219 |
DDR_MKOv4 |
|
206045 |
pSMAL-CellTag-multi-v1 barcode library |
Q
如何获取和使用？
所有文库均以混合质粒DNA的形式提供。此外，部分文库还提供慢病毒制备物，为您省去包装步骤！
如果您对质粒文库产生了兴趣，欢迎访问Addgene的质粒文库专页浏览更多资源。《质粒文库使用指南》也提供了使用和设计筛选实验的实用建议。
//www.addgene.org/guides/pooled-libraries/
Q
如何购买质粒？
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北区
010-84415788
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